paplot example

paplot による出力サンプル集です。

タイトルをクリックすると paplot により出力したレポートを表示します。
右側のアイコンをクリックすると paplot を実行したサンプルデータと paplot の設定ファイルを見ることができます。
をクリックするとまとめてダウンロードできます。

Mutation Matrix レポート

	最小構成	...最低限必要な情報のみでレポート作成 解説
	情報追加	...マウスオーバーで表示する情報を追加 解説
	サブプロット	...クリニカル情報をサブプロットとして追加 解説

QC レポート

	最小構成	...最小構成でレポート作成 解説
	積み上げグラフ	...レポートに積み上げグラフを追加 解説
	様々なグラフ	...レポートに複数グラフを追加 解説
	範囲選択	...データ範囲の選択表示機能を追加 解説

Chromosomal Aberration レポート

	最小構成	...最低限必要な情報のみでレポート作成 解説
	グルーピング	...リンクにグループを設定 解説
	情報追加	...マウスオーバーで表示する情報を追加 解説

Mutational Signature レポート

	最小構成	...最低限必要な情報のみでレポート作成 解説
#sig 2
	複数のクラスタリング数	...変異シグネチャのクラスタリング数が 2, 3, 4, 5, 6 の場合のレポート作成 解説
#sig 2 #sig 3 #sig 4 #sig 5 #sig 6
	寄与度グラフ	...レポートに寄与度グラフを追加 解説
#sig 2 #sig 3 #sig 4 #sig 5 #sig 6

pmsignature レポート

※ background を設定しているため、実際に出力される pmsignature は 1 少ない数になります

	最小構成	...最低限必要な情報のみでレポート作成 解説
#sig 2
	複数のクラスタリング数	...pmsignature のクラスタリング数が 2, 3, 4, 5, 6 の場合のレポート作成 解説
#sig 2 #sig 3 #sig 4 #sig 5 #sig 6
	寄与度グラフ	...レポートに寄与度グラフを追加 解説
#sig 2 #sig 3 #sig 4 #sig 5 #sig 6
	background なし	...background なしで pmsignature を実行 ※実際に出力される pmsignature は設定通りの数 (ここでは 2) になります 解説
#sig 2

paplot に関するドキュメントは以下を参照ください。

• [日本語]   http://paplot-jp.readthedocs.org/